حضرت در سال ۵۷ هجری در شهر مدینه متولد شدند. ایشان هنگام شهادت پدرشان امام زین العابدین علیه السلام که در سال ۹۴ رخ داد، سی و نه سال داشتند. نام امام «محمد» و کنیه ایشان «ابوجعفر» است و «باقر» و «باقر العلوم» القابشان می باشند.
نام مادر حضرت «ام عبدالله» بود, دختر امام حسن مجتبی علیه السلام و نخستین کسی که هم از نظر پدر و هم از نظر مادر فاطمی و علوی بودند. دوران امامت آن حضرت هجده سال بود.
پایه گذار نهضت بزرگ علمیامام پنجم طی مدت امامت، در شرائطی نامساعد، به نشر معارف الهی و تشریح مشکلات علمی پرداختند و جنبش علمی گسترده ای را به وجود آوردند که مقدمات تأسيس يك دانشگاه بزرگ اسلامی را که در دوران امامت فرزندشان «امام صادق علیه السلام» به اوج عظمت رسید، فراهم کرد.مقام بزرگ علمی و اخلاقی امام پنجم مورد تصدیق دوست و دشمن و در بنی هاشم سرآمد بود. روایات و احادیث بسیاری در زمینه مسائل و احکام اسلامی، تفسیر، تاریخ اسلام و انواع علوم از آن حضرت به یادگار مانده است.
رجال و شخصیتهای بزرگ علمی آن روز، و عده ای از یاران پیامبر اسلام صلی الله علیه و آله که هنوز در حال حیات بودند، از محضر آن حضرت استفاده می کردند. علاوه بر کتب شیعه, کتب دانشمندان و مورخان مهم اهل تسنن نیز مانند: طبری، بلاذری، خطیب بغدادی، ابو نعیم اصفهانی، زمخشری و... پر از سخنان پر مغز پیشوای پنجم شیعیان هستند و همه جا جمله : «قال محمد بن علی» و یا «قال محمد الباقر» در آن ها به چشم می خورد.
امام باقر علیه السلام از نظر دانشمندان آوازه دانش ایشان چنان نقاط مختلف کشور اسلامی را پر کرده بود که لقب «باقرالعلوم » (گشاینده دریچه های دانش و شکافنده مشکلات علوم) را بر ایشان نهادند.
«ابن حجر هیتمی»، دانشمند برجسته اهل سنت می نویسد:محمد باقر به اندازه ای گنجهای پنهانی معارف و دانشها را آشکار ساخته، حقایق احکام و حکمتها و لطایف دانشها را بیان نموده که جز بر عناصر بی بصیرت یا بدسیرت پوشیده نیست و از همینجاست که وی را شکافنده و جامع علوم، و برافرازنده پرچم دانش خوانده اند.